Categories
Reports

Bestun á undirbúningi og meðhöndlun sjósýna fyrir sameinda‐ líffræðilegar örverurannsóknir / Optimization of sample preparation – filtration and DNA extraction – for the analysis of sea water samples

Author(s):

Eyjólfur Reynisson, Árni Rafn Rúnarsson, Sveinn Haukur Magnússon, Desiree Seehafer, Viggó Þór Marteinsson

Funded by:

Verkefnasjóður sjávarútvegsins, Sjávarútvegs‐ og landbúnaðarráðuneyti

Contact

Viggó Marteinsson

Group Leader

viggo.th.marteinsson@matis.is

Bestun á undirbúningi og meðhöndlun sjósýna fyrir sameinda‐  líffræðilegar örverurannsóknir / Optimization of sample preparation – filtration and DNA extraction – for the analysis of sea water samples

Lítið er vitað um örverur eða fjölbreytileika örverusamfélaga á Íslandsmiðum en þær gegna mikilvægu hlutverki í vistkerfi hafsins. Nauðsynlegt er að rannsaka örverufræði hafsins í kring um Ísland með nýjum og öflugum aðferðum sem byggja á sameindalíffræði. Við slíka vinnu skiptir gæði sýna og sýnaundirbúningur mjög miklu máli. Í þessari rannsókn var gerð forkönnun á sjósýnum, sýnatöku og sýna‐ meðhöndlun áður en sýni verða tekin í miklu magni. Fyrst voru sýni tekin úr smábátahöfninni í Reykjavík til forathugunar og svo var haldið lengra með sýnum úr rúmsjó. Skoðaðar voru heimtur með tilliti til DNA magns og hversu vel tókst til að magna upp erfðaefni örveranna með PCR. Niðurstöðurnar sýndu að besta aðferðin var aðkeypt DNA einangrunarsett sem einangraði mest af DNA og var magnanalegt með PCR. Ódýrari og fljótvirkari aðferð með sjálfvirku einangrunartæki og heimatilbúnum hvarfefnum reyndist einnig mjög vel þar sem sambærilegar niðurstöður fengust úr PCR mögnun þó svo að lægri DNA heimtur fengust. Út frá þessum niðurstöðum er unnt að setja upp verkferla sem byggja á sjálfvirkri DNA einangrun sýna en notkun aðkeyptra einangrunarsetta á erfiðari sýni. Fyrirhugað er að nota þessar niðurstöður við sjósýni úr vorralli Hafrannsóknarstofnunarinnar.

The knowledge on microbial diversity and community structure in Icelandic seawater is scarce at present despite their important role in ocean ecology. The agenda is to increase our knowledge in this field by applying recent and powerful analytical tools. In order to do that it is essential to have access to high quality samples and sample preparation procedures. In the present study sea sample preparation was studied with aim of comparing different methods and optimizes the workflow. Samples from a harbour in Reykjavík and open sea samples were used for this purpose. The results showed that an extraction method based on an Epicentre kit gave the best results regarding DNA recovery from the samples and suitability in a PCR amplification. However, a method based on semi‐automatic protocol and in house reagents proofed to be more cost effective and showed comparable performance with PCR suitability of the samples although a lower DNA recovery was obtained. From these results it is now possible to establish an efficient work flow for microbial diversity analysis of sea samples using an automated method as a first choice with the option of more costly method for more challenging samples.

See full report
Categories
Reports

Verðmæti og öryggi íslenskra sjávarafurða. Áhættusamsetning og áhætturöðun / Food safety and added value of Icelandic seafood. Risk profiling and risk ranking

Author(s):

Eva Yngvadóttir, Birna Guðbjörnsdóttir

Funded by:

AVS rannsóknasjóður sjávarútvegsins og Rf / Matís ohf

Verðmæti og öryggi íslenskra sjávarafurða. Áhættusamsetning og áhætturöðun / Food safety and added value of Icelandic seafood. Risk profiling and risk ranking

Í þessu verkefni var framkvæmd grunnvinna að áhættumati fyrir þorsk, rækju, karfa, ýsu, grálúðu, síld, ufsa og kúfisk. Þessar tegundir voru kortlagðar m.t.t. hætta og fékkst þannig fram áhættusamsetning þeirra og hálf-magnbundið áhættumat framkvæmt á þeim. Við þetta áhættumat var notað reiknilíkan sem þróað hefur verið í Ástralíu og er nefnt Risk Ranger. Við áhættumatið voru notuð gögn um neysluvenjur (skammtastærðir, tíðni o. fl.), tíðni og orsakir fæðuborinna sjúkdóma. Þannig var reiknuð út áhætta tengd neyslu þessara sjávarafurða, miðað við ákveðnar forsendur. Áreiðanleiki áhættumats er algjörlega háð þeim gögnum og upplýsingum sem notuð eru við framkvæmd þess. Samkvæmt fyrirliggjandi mæligögnum og gefnum forsendum raðast ofangreindar sjávarafurðir í lægsta áhættuflokk (stig <32) – lítil áhætta, miðað við heilbrigða einstaklinga. Á alþjóðlegum matvælamörkuðum hafa íslenskar sjávarafurðir á sér gott orðspor hvað varðar heilnæmi og öryggi. Áhyggjur vegna öryggis matvæla fara hins vegar vaxandi víða og því er það mikil áskorun fyrir Íslendinga að viðhalda þessu góða orðspori í framtíðinni.

This report contains the preliminary results of a risk profiling and risk ranking study for the following species: cod (Gadus moruha), shrimp (Pandalus borealis), ocean perch (Sebastes marinus), haddock (Melanogrammus aeglefinus), Greenland halibut (Reinhardtius hippoglossoides), saithe (Pollachius virens) and Iceland cyprine (Cyprina islandica). These species were surveyed with regard to terms of undesirable substances (Risk profiling and risk ranking, as well as semiquantitative risk assessment). An Australian software, Risk ranger, was used to compute the risk assessment. Various data, e.g. consumer behaviour (daily intake, frequency etc.), and incidence and origin of food-borne diseases, were used. Thus, the risk of consuming these species was determined. The reliability of a risk assessment is dependent on the quality of the data which are used to carry it out. Based on the existing data and given prerequisites, it can be stated that the aforementioned species come under the lowest risk group (degree <32) – small risk, considering healthy individuals. Icelandic seafood products are renowned on the international food markets as being quality and safe food. However, in light of growing concern worldwide for food safety, it is a challenge for Icelandic seafood producers to maintain that good reputation.

See full report