Categories
Reports

Kyngreining fiska

Author(s):

Dr. Sigurlaug Skírnisdóttir, Msc. Eiríkur Briem, Msc. Hlynur Sigurgíslason, Dr. Guðmundur Ó. Hreggviðsson, Dr. Sigríður Valgeirsdóttir, Dr. Jónas Jónasson, Dr. Sigríður Hjörleifsdóttir

Funded by:

Tækniþróunarsjóður (Rannsóknamiðstöðvar Íslands)

Contact

Sigurlaug Skírnisdóttir

Project Manager

sigurlaug.skirnisdottir@matis.is

Kyngreining fiska

Markmið verkefnisins var að finna kynbundinn mun á milli erfðaefnis hængs og hrygnu í laxi, lúðu og þorski. Þessar upplýsingar átti síðan að nota til að þróa kyngreiningarpróf fyrir þessar fisktegundir. Útbúin voru genasöfn fyrir hæng og hrygnu fyrir tegundirnar þrjár með frádráttarpörun. Raðirnar sem fengust í genasafninu voru raðgreindar, þreifarar útbúnir eftir þeim og þær síðan settar á örflögur. Síðan voru flögurnar þáttaparaðar við erfðaefni við hænga og hrygnur og bindingin metin fyrir kynin. Í verkefninu fólst mikið tæknilegt og markaðslegt nýnæmi þar sem raðað var saman hátækniaðferðum úr sameindaerfðafræði og upplýsingatækni til að leysa fyrirliggjandi markaðslegt vandamál í kyngreiningu í fiskeldi. Áhættan í verkefninu fólst í því hvort nægilegur kynjamunur sé í erfðamengi þessara fiska til að greina hann með flögugreiningum. Þetta verkefni var mikil áskorun og þótt lokamarkmiðið hafi ekki náðs þá gekk það upp hvað varðar aðferðafræðina og mikilla niðurstaðna var aflað. Verkefnið var því mikilvægt fyrir þroska og aðferðaþróun innan fyrirtækjanna Stofnfisks, Matís-Prokaria og Nimblegen Systems á Íslandi.

The goal of the project was to develop a sex determination method for the three fish species, cod, salmon and halibut. Gene libraries for female and male fishes were produced for the three fish species by using the subtraction hybridization method from whole genomic DNA. Probes were designed for all the sequences obtained and the probes were put on microarrays. The microarrays were hybridized with DNA from both male and female fishes and the difference scored. The risk of the project was to determine if there is enough gene difference between the sexes of these three fish species to be analyzed by using microarrays. The project did not reveal sex determination genes, but this assignment was a big challenge for the three companies Stofnfiskur, Matís-Prokaria and Nimblegen Systems. Many new methods and technical solutions were solved during the project and a large set of results were built up. The project was an important part of the fast growing and development of the companies.

See full report