Categories
Reports

Erfðamarkasett fyrir bleikju

Author(s):

Sigurlaug Skírnisdóttir, Alexandra M. Klonowski, Sigurbjörg Hauksdóttir, Kristinn Ólafsson, Helgi Thorarensen, Einar Svavarsson, Sigríður Hjörleifsdóttir

Funded by:

Tækniþróunarsjóður Rannsóknamiðstöðvar Íslands

Contact

Sigurlaug Skírnisdóttir

Project Manager

sigurlaug.skirnisdottir@matis.is

Erfðamarkasett fyrir bleikju

Markmið verkefnisins var að búa til öflug erfðagreiningasett fyrir bleikju með 15-20 erfðamörkum. Mörg erfðamörk hafa verið birt fyrir bleikju og aðra laxfiska en gallinn er sá að ekkert hentugt fjölmögnunar erfðamarkasett er þekkt en það er forsenda þess að notkun tækninnar sé hagkvæm. Mikilvægt er að erfðamörkin sýni breytileika innan stofnsins, séu af ákveðinni stærð en þó misstór, virki vel í fjölmögnunarahvarflausn og séu vel læsileg eftir að búið er að keyra sýnið á raðgreiningarvél. Áhættan í verkefninu fólst í því hvort hægt væri að finna hentug erfðamörk sem mætti setja saman í 2-3 hvarfblöndur. Prófuð voru 70 vísapör fyrir 56 birt erfðamörk. Niðurstaða verkefnisins var sú að hægt var að koma saman 17 erfðamörkum í 3 hvarfblöndur. Alls voru greindir 140 fiskar úr eldisstofni Hóla með þessum 17 erfðamörkum en auk þess voru 12 villtir fiskar greindir með þeim. Niðurstöður sýndu að erfðamörkin nýttust til að aðgreina mismunandi hópa bleikju. Úrvinnsla á erfðagreiningum staðfesti greinilega að Hólableikjan er aðallega byggð upp af tveimur stofnum. Nokkur sýni af villtri bleikju sem voru erfðagreind gáfu nýjar samsætur sem ekki sjást í eldisfiskinum. Nú eru því til erfðamarkasett sem geta nýst í kynbótastarfi, í stofnrannsóknum á villtri bleikju og í rekjanleikarannsóknum. Þetta verður til að efla kynbótastarf og er öflugt verkfæri við rannsóknir á bleikju í framtíðinni.

The goal of the project was to develop genotyping protocols for Arctic charr containing multiplexes of 15-20 microsatellite markers. Many microsatellite markers have been published for salmonoid fishes, but no multiplexes are known which are of practical use when analyzing many samples at a time and therefore, to make the research profitable. The microsatellite markers must show variability among the fishes, they must be of certain sizes and of variable sizes, they must be amplifiable in multiplex PCR reactions and they must be easily readable from the machine. The risk of the project was to find published microsatellite markers which would fulfill these criteria and fit into 2-3 multiplex PCR reactions. Seventy primer pairs were tested for 56 published microsatellite markers. The results of the project were that 17 microsatellite markers which fit into 3 multiplex PCR reactions. A total of 140 fish from the brood stock of Arctic charr from the University at Holar was analyzed in the study as well as 12 samples from wild fish of different lakes and rivers. The results indicate that these markers can be used to analyze different stocks of Arctic charr. Furthermore, analyzes of the brood stock confirms that it mainly consists of two different stocks. New alleles were observed in the wild fish compared to the brood stock fish. A genotyping protocol to analyze Arctic charr for use in breeding industry, in wild fish research and in tractability analyzes, is now available. This will help in building up breeding programs and will be a helpful tool of the genetic research of Arctic charr.

See full report